Seminarium Matematyka dyskretna datuje swój początek niemal równocześnie z utworzeniem Instytutu Matematyki AGH w roku 1969. Początkowo sporadyczne spotkania przekształciły się w regularną formę seminarium. Do roku 1993 było ono prowadzone przez Zdzisława Skupnia, a w okresie 1995-1999 przez A. Pawła Wojdę. W latach 1999-2011 kierownikiem seminarium był Mariusz Woźniak, natomiast w latach 2011-2016 kierował nim Mariusz Meszka. Obecnie funkcję kierownika seminarium pełni Jakub Przybyło.